Pirner ukończył szkołę realną w Lokti. Następnie kontynuował naukę na Akademii Sztuk Pięknych w Pradze w latach 1872-1874, a później studiował na akademii wiedeńskiej. W 1896 r. powrócił jednak na Akademię w Pradze, by zostać profesorem i wykładowcą. W jego atelierze malarstwa figurowego pobierało naukę kilku późniejszych znanych malarzy i pedagogów, takich jak Max Švabinský, Jakub Obrovský i Vratislav Nechleba. Pirner przedstawił się jako bardzo utalentowany malarz i rysownik. Na początku swojej niezwykłej pracy zilustrował Księgę pieśni Heinricha Heine. Stopniowo w jego twórczości zaczął dominować obraz o tematyce alegorycznej i poetyckiej. Był nie tylko świetny w sposobie malowania, ale także w swojej pracy z kolorami.