W latach 1889 - 1892 studiował modelarstwo w Technikum Artystycznym w Pradze pod kierownictwem prof. Celdy Kloučka, a w latach 1896 - 1898 na Akademii Sztuk Pięknych w Pradze pod kierunkiem prof. Josefa Václava Myslbeka. Jego pierwszą samodzielną pracą byli Lodołamacze na Wełtawie (1900), za którą otrzymał Stypendium Hlávki z wyjazdem do Paryża. W swoim dziele uchwycił temat pracy bez patosu i upiększeń. Podczas pobytu na stypendium w Paryżu pracował w atelierze Augusta Rodina w latach 1901–1904 i ze Stowarzyszeniem Mánes współorganizował wystawy Rodina w Pradze. Wpływ jego nauczycieli miał znaczący udział w jego własnej pracy. Zdolności twórcze Myslbeka charakteryzował spokój, szlachetność, jasność i realność, a Rodin sprawiał, że jego praca była dynamiczna, żywa i pełna ruchu. Prace Mařatki były artystyczną i swoistą syntezą tych inspirujących wpływów. Od 1920 roku pracował jako profesor w Technikum Artystycznym w Pradze. W okresie po I wojnie światowej zajmował się tworzeniem pomników wojennych, z których najsłynniejszy jest Praga dla swoich zwycięskich synów, odsłonięty 29 października 1932 roku.